O ANDES-SN tem sua origem em 1981, fruto das lutas e da necessidade dos trabalhadores na educação superior desenvolverem uma organização nacional que unificasse suas bandeiras. Assim como grande parte dos maiores sindicatos existentes em nosso país, o ANDES-SN filiou-se à CUT, união que durou até que a luta dos professores encontrou, no governismo e peleguismo dessa central, um impedimento para desenvolver o classismo e prosseguir defendendo os interesses dos trabalhadores.  Desse modo, durante o 24º Congresso do ANDES-SN, realizado em 2005, foi tomada a decisão histórica do rompimento do Sindicato com a Central Única dos Trabalhadores.

A partir de então, o ANDES-SN passou a ser uma das maiores refe-rências de luta e resistência contra as políticas do governo Luiz Inácio expressas em suas "reformas" Trabalhista, Previdenciária, Sin-dical, Universitária, Tributária e demais medidas. O ANDES-SN cresceu, fortaleceu-se e hoje possui cerca de 80 mil filiados e mais de 110 seções sindicais espalhadas em todo o país.

Golpe contra a organização

O ataque do governo não tardou. Com o crescimento da resistência dos trabalhadores e estudantes contra a "Reforma" Univer-sitária e demais medidas de desmantelamento e mercantilização do ensino, um golpe cartorial foi montado para efetuar a cassação do registro sindical do ANDES-SN e outro ainda mais baixo, a criação de um sindicato pró-governo para dividir o movimento dos docentes.

No dia 6 de setembro de 2008, em um auditório com menos de 100 lugares na sede da CUT em São Paulo, guardado por seguranças que impediam o acesso de traba-lhadores e da imprensa, foi organizado um congresso-fantasma para a criação do "novo" sindicato.

Enquanto mais de 200 traba-lhadores, representando 36 instituições de ensino, eram barrados na porta e os únicos sete que conseguiram se credenciar tiveram seus celulares e máquinas fotográficas apreendidos, em apenas 45 minutos foi criada a "nova" entidade sindical para representar os professores do Ensino Superior público federal.

As 115 pessoas presentes carregavam 485 procurações, que segundo denúncia do ANDES-SN sequer foram apresentadas e aprova-ram um estatuto e uma diretoria provisória em apenas 15 minutos.

Em um comunicado de 8 de setembro de 2008, a diretoria do ANDES-SN protestou:

"Impedidos de entrar, permane-ceram em reunião assemblear defronte ao bunker cutista os mais de 200 professores de 36 instituições federais de Educação Superior filiados ao ANDES-SN que ali se encontravam, com contracheques na mão, para se contrapor à desqualificada iniciativa, mobilizados na defesa da entidade criada em 1981".

Protestos e mobilização nacional

No dia 11 de novembro de 2008, um Ato Público em Defesa da Liberdade de Organização e Autonomia Sindical foi realizado com a participação de 2.500 pessoas em Brasília. O Ato contou com a participação de professores, trabalhadores de diversos setores, sindicatos, mais de 80 organizações classistas e movimento estudantil que manifestaram o seu apoio ao ANDES, firmando o compromisso de não permitir a concretização do golpe governista contra a organização dos trabalhadores.